系統(tǒng)的藥師法門(mén)身心鍛煉法，我們可以把它分為以下幾個(gè)步驟：第一步，安住于因果身。所謂“安住于因果身”，就是要能夠深信因果，了知業(yè)果律和無(wú)我律。業(yè)果律是什么呢？出世間的業(yè)果律就是空性智慧，就是安住于因果身。
當(dāng)我們能夠不斷的身心變得越來(lái)越清靜，能夠越來(lái)越有精神的那種狀態(tài)。那些錯(cuò)誤的見(jiàn)解和認(rèn)識(shí)，遠(yuǎn)離這些困擾的情緒，我們生命的能量就會(huì)越來(lái)越充沛，我們才能逐漸修行戒定慧這種修法。所以說(shuō)安住于因果身是很重要的。
第二步，也就是藥師法門(mén)當(dāng)中一個(gè)特別方便的法門(mén)“針灸前行禪”，通過(guò)針灸前行禪去激發(fā)能量身的活力。當(dāng)我們安住于因果身當(dāng)中，來(lái)做這種針灸前行禪，從而開(kāi)啟這種通過(guò)一層一層的能量身的鍛煉。
第三步是做藥師瑜伽。包括十二論瑜伽、四無(wú)量清凈瑜伽、息瑜伽、天瑜伽等這些瑜伽得到的的多元瑜伽叫做藥師瑜伽。
通過(guò)以上這幾步，都可以讓我們的能量身激活。那么第一步的安住于因果身目的是什么？實(shí)際上就是為了讓我們的身心能量不流失。佛法說(shuō)內(nèi)心的煩惱是有漏，使我們身上的能量不斷的漏失，我們的心不斷跟隨這些物我的外境，不斷的去追求、不斷的升起欲望、然后不斷的盲目去追逐這些物質(zhì)的目標(biāo)，我們的能量就會(huì)不斷的漏失，這樣的身心狀態(tài)就屬于一種有漏的狀態(tài)。第二、三步就是提升激活能量身。
第四步就是修內(nèi)觀禪，修藥師定，即打坐。打坐實(shí)際是綜合的身心修煉，不要看打坐是靜態(tài)的，其實(shí)不完全是靜態(tài)的。我們打坐的時(shí)候，表面上身體是不動(dòng)的，實(shí)際上內(nèi)在它是在不斷的運(yùn)轉(zhuǎn)。打坐的時(shí)候，最重要的調(diào)身，實(shí)際上它也會(huì)越來(lái)越密切的調(diào)身，越來(lái)越有規(guī)律的觀照我們的心。動(dòng)態(tài)當(dāng)中禪修也是有的，比如精神上的禪修、吃飯當(dāng)中的禪修等等。
再比如說(shuō)身體的放松，在日常的生活當(dāng)中我們要時(shí)刻的去注意我們身體的那種緊張的狀態(tài)。當(dāng)我們語(yǔ)速變快、或者和他人生起一些沖突的時(shí)候，此時(shí)我們要回到我們身心當(dāng)下的那種狀態(tài)來(lái)細(xì)細(xì)覺(jué)察，而不是盲目地執(zhí)著于外境、他人。當(dāng)我們的心越追求外境就會(huì)越迷惑、越不安、越痛苦。當(dāng)我們回到身心當(dāng)下的這種狀態(tài)，嘗試將注意力關(guān)注到我們身體緊張的部位，再去把它放松、轉(zhuǎn)變。
當(dāng)我們和他人的產(chǎn)生爭(zhēng)執(zhí)、矛盾的時(shí)候，如果我們想解決這個(gè)矛盾，只有在這種情緒比較熱的狀態(tài)下才能解決這個(gè)矛盾，否則的話，一但負(fù)面的情緒控制了我們的語(yǔ)言行為，必然會(huì)處于一種失控的狀態(tài)。而這個(gè)熱的狀態(tài)就是回歸我們自己身心的當(dāng)下，來(lái)調(diào)整我們身心的狀態(tài)，用最直接的方式觀察我們身心緊張的狀態(tài)。
這種方式在打坐的最初也是需要的，你需要把你的身體放松，然后身體坐得正直，身直則心直。因?yàn)樯碇眲t性直，性直則心直。即你的身體坐正你的氣脈就會(huì)通暢，氣脈通暢的話你的心才會(huì)有注意力、覺(jué)知力，身心、能量身交匯。所以，最基礎(chǔ)的就是身體的放松。像我們知道的中醫(yī)調(diào)養(yǎng)、瑜伽等，從廣義上來(lái)講都是屬于身念處中比較基礎(chǔ)的一些方式。
只要我們有這種覺(jué)知力、佛法的見(jiàn)地，我們可以有這種修行的方法，但是內(nèi)心又沒(méi)有對(duì)這種修法的執(zhí)著，那么你就可以通過(guò)這種方法調(diào)整自己的身心，好好修行。因?yàn)檫@種最基礎(chǔ)、最簡(jiǎn)單的身心不分離修法是比較容易操作、修行比較好入手的方法、方式。在禪修的過(guò)程當(dāng)中，我們的身心會(huì)不斷的轉(zhuǎn)化。找到適合自己的禪修方式。
第五步的話是回向，做一個(gè)圓滿的回向。
以上，這些就是藥師法門(mén)的身心鍛煉法的五個(gè)步驟。通過(guò)這幾個(gè)步驟鍛煉身心。